El habilidoso volante colombiano que militó sus dos ultimas temporadas en España, con el recién descendido Almeria, llegó a un acuerdo con el conjunto griego, con el que firmó un contrato por un año. Al parecer el principal causante es la no inscripción del jugador, con su antiguo club, hecho que llevó al mediocampista bogotano, a firmar con el nuevo conjunto donde ya fue presentado el jugador cafetero.
El AEK es dirigido por el entrenador español, Manolo Jiménez, y en el sorteo de la Europa League quedó en el Grupo L con el Anderlecht de Bélgica, Lokomotiv de Moscú y Sturm Graz de Austria.
Fabián Vargas comenzó su carrera en el año de 1996 en el América de Cali, club en el cual estuvo durante siete años, ganando los torneos locales de 2000, 2001 y 2002, también la Copa Merconorte de 1999.
En el 2003 Vargas ficha por el club argentino Boca Juniors. Con los ‘xeneizes’ ganó siete títulos. El bogotano es uno de los jugadores colombianos que más títulos ha ganado en su carrera, en total suma 14 en 15 años como jugador profesional.